ЕҰУ-дың құрылысы 1996 жылы оның негізі қаланғаннан кейін басталды. Бастапқыда университет С. Сейфуллин атындағы Ақмола университеті мен құрылыс институтының базасында жұмыс істеді. Құрылыстың ең қарқынды кезеңі 2001–2005 жылдар аралығында болды.